30Ninja Assassin narra la història d’Raizo (Rain), un dels millors assassins del món. Raizo és un nen del carrer transformat en una màquina entrenada pel Clan Ozunu, una societat secreta la qual es creu que és un mite. L’assassinat d’un dels amics de Raizo pel mateix Clan fa que ell fugi i desaparegui. Ara ell espera el moment indicat per a la venjança. A Berlín, l’agent de l’Europol Mika Coretti (Naomie Harris) ha xocat amb una pista que demostra que assassinats polítics tenen vinculació amb assassins del Llunyà Orient. Desafiant les ordres del seu superior, Ryan Maslow (Ben Miles), Mika investiga més a fons per saber la veritat darrere dels assassinats. Aquest descobriment la converteix en un blanc del Clan Ozunu.. Raizo salva Mika dels seus atacants, però ara ell sap que el Clan no descansarà fins que tots dos siguin eliminats.